Прошло три года с тех пор, как «избранные» спасли цифровой мир от зла. Дети повзрослели, а то, что когда-то происходило, забылось. Теперь новому поколению «избранных» предстоит снова стать героями, ведь в мире дигимонов объявился новый враг — Император Дигимонов, который не только унижает дигимонов, но и использует их в своих тёмных умыслах. Для выполнения этой цели были выбраны три новых ребёнка — Дайсукэ Мотомия, Иори Хида и Мияко Иноуэ. Получив свои дигивайсы и собственных дигимонов, ребята

История разворачивается вокруг Юто Аяси и его одноклассницы Харуки Ногизаки. Юто - обычный школьник, ничем не выделяющийся среди сверстников, Харука же - очень привлекательна, умна и богата. Благодаря всему этому, она стала самой популярной девочкой в школе, идолом, которую одноклассники называют "Nuit Étoile" (Серебряная звезда в ночи) и "Lumière du Clavier" (Сияющая принцесса, играющая на фортепиано). Однажды, когда Юто шел в школьную библиотеку, чтобы вернуть книгу, он

Пять сверхъестественных группировок борются друг с другом век за веком, с началом эпохи Водолея они стали всё больше проявлять себя. У Кьёты вскоре начинаются видения о сражающихся мистических девушках. Постепенно он и его девушка Ёрико становятся всё больше вовлечены в сражение, и борьба за Землю и Водолея находится в их руках.