В 5012 году Землю атаковали инопланетяне и с помощью роботизированной формы жизни практически уничтожили людей. Обосновавшись на Луне, остатки человечества готовятся дать отпор захватчикам — биться во имя человечества предстоит высокотехнологичным воинам-андроидам YoRHa.

Продолжение эпического приключения Рико и Рэга, к которым присоединяется их новый друг Нанати. Вместе они спускаются на пятый уровень Бездны, именуемый Морем Трупов, и сталкиваются с таинственным Бондрюдом, легендарным Белым Свистком, который оставил тёмный след в тяжёлом прошлом Нанати. Бондрюд заискивающе гостеприимен, но храбрые искатели приключений знают, что в загадочной Бездне вещи не всегда являются тем, чем кажутся...

Через семь месяцев после окончания Одногодичной войны остатки Герцогства Зион превратились в Республику Зион и продолжили сражение. Дэрил пилотировал мобильного воина «Психо-Заку» в конце войны в секторе «Удар молнии», где был уничтожен флот Братства Мур. После потери «Психо-Заку» Дэрил отправляется на Землю для получения информации об Альянсе Южных морей, военной группы в составе Земной Федерации. Ио, который противостоял Дэрилу, был выбран для пилотирования прототипа мобильного воина «Атлас