Третий и последний фильм из трилогии. В отличие от двух других фильмов, не является пересказом событий сериала. После того, как Мадока перестроила Вселенную, Хомура живёт в мире, где ведьмы больше не рождаются. Но отчаяние людей всё ещё проявляется в существах, известных как призраки, с которыми и сражаются девочки-волшебницы. Хомура продолжает бороться со своим одиночеством после расставания с Мадокой. В фильме также появляется новая волшебница по имени Нагиса Момоэ.

Это история о двух сестрах: старшая Шизуру, старшеклассница, может видеть духов, в то же время ее младшая сестра, Мидзуки, почти не видит их, но очень восприимчива к ним, из-за чего эти духи часто пытаются вселиться в нее. Чтобы научиться жить с такими способностями, они переезжают жить в сельскую местность к своим дедушке и бабушке. Обладая такими способностями, Шизуру и Мидзуки часто попадают в сложные ситуации, выпутаться из которых бывает очень не просто.

Эта история происходит во всё той же многострадальной деревне Хинамидзава, но чуть позже, чем в оригинальной истории. Жителей деревни поразила странная болезнь, и Хинамидзава изолирована на карантин. Кэйити Маэбара и Рэна Рюгу пытаются разобраться в сложившейся ситуации.

«Веспер» — секретная правительственная организация, сражающаяся с инопланетными захватчиками посредством супермощных боевых андроидов. Андо Махоро — сильнейший боевой андроид «Веспера», выигравшая множество битв и победившая множество врагов, но, израсходовав почти весь свой эксплуатационный ресурс, у неё остаётся всего тридцать семь дней, после которых она перестанет функционировать. Впрочем, если Махоро перестанет участвовать в военных действиях и будет беречь оставшуюся энергию, то она