Численность населения Земли достигла критической отметки в одиннадцать миллиардов, и более девяти миллиардов человек были вынуждены отправиться жить в космические колонии. Скопление колоний, находящихся в одной области, называют Стороной. После неудавшихся переговоров с Федерацией Земли, группа колоний Стороны 3 провозгласила себя независимой республикой и объединилась в Герцогство Зеон. Это стало причиной так называемой «Одногодичной Войны» 0079 года Вселенского Века UC, которая длится уже

События в этой истории происходят в Японии в начале лета 2015 года. 180 000 человек живут в городе Татикава, «втором мегаполисе» района Токио. В их числе «Gatchaman» — воины, которые сражаются в специальных костюмах, усиленных «NOTE», особой духовной силой живых существ. Только эти воины, хотя их сила до конца и не изучена, способны защитить Землю от инопланетных врагов. В последнее время они вынуждены сражаться с таинственной сущностью, известной как «MESS».

Несколько месяцев прошло после событий предыдущего сезона. Барьер, поставленный лордами мазоку, был разрушен, и в результате Лина Инверс и её друзья получают доступ во внешний мир. Там они оказываются впутаны в пророчество, гласящее, что тёмный лорд из другого измерения, прозванный Тёмная Звезда Дуградигдо, проникнет в их мир и начнёт сеять хаос...