Период Эдо, время правления клана Токугавы (1600–1868). Молодая женщина-самурай Ран Цукикагэ, прекрасно управляющаяся с катаной, путешествует по стране в компании другой девушки по имени леди Мяу, которая по счастливому совпадению является мастером китайских единоборств. Это история их приключений, иногда опасных и весёлых, иногда печальных и удивительных, которые случаются с ними в пути.

Тайная антиправительственная организация «Реверс» начинает действовать всё активнее, непрерывно вербуя в свои ряды людей из темных районов, ненавидящих жителей светлых кварталов, имеющих все то, чего с детства лишены они сами. Потерявший память Гош Суэд становится одним из наёмников этой организации и участвует в операциях по поимке «почтовых пчел». Лаг Сиинг в это же время получает звание полноправной «почтовой пчелы» и, поклявшись сделать все возможное для нахождения Гоша, поселяется жить у

Правительство ужесточило меры по несанкционированным мероприятиям, но концерты и битвы продолжаются! Помимо этого объявили, что скоро будут проведены всеобщие выборы среди участниц АКБ0048! Но на этом новости не заканчиваются, ведь вместе с Нагисой и девочками нам предстоит раскрыть множество тайн, окутывающих команду 00, узнать ещё больше о кирарах (музыкальных частичках света участниц), а также приподнять завесу над прошлым.