Главная героиня серии Сион Исиватари. В пятилетнем возрасте она становится свидетельницей жестокого убийства своей семьи. Убив её родителей, убийца заставляет её сесть перед доской в сёги и играть с ним, после чего обещает, что если она хочет выжить, то должна забыть о том, что случилось этой ночью. От шока Сион теряет способность говорить, и не может вспомнить лица преступника. Убийцу так и не нашли. Проходит 8 лет. Теперь Сион живет в любящей её семье Ясуока, а её приемный отец
История разворачивается вокруг Коеми Моришита, неуклюжей первокурсницы старшей школы. Из-за небольшого роста ее часто принимают за ученицу начальной школы. Девушка становится ученицей Мисы Анехара, 25-летней аспирантки, которая по совместительству является и сильнейшим магом современности.
Ниндзя существовали ещё и в эпоху Токугава, но в современном мире, кажется, что их больше не стало. Но ниндзюцу и необходимость в особых бойцах осталась по сей день. Если окунуться в историю, то ниндзя всегда служили властным людям, правителям или тем, у кого были деньги. В сложное искусство их профессии входило умение следить за людьми, убивать и подчиняться приказам. Сейчас же мало что изменилось и ниндзя до сих пор обучаются искусству боя, а также работают на государство. Обучение проводится
Фильм основан на событиях первых двух эпизодов с новыми дополнительными сценами.